Ưu điểm nổi bật nhất của kĩ thuật chuyển gen so với các phương pháp lai hữu tính thông thường khác là:

cho phép chuyển gen từ loài này sang loài khác.

sản xuất một lượng sản phẩm lớn trong thời gian ngắn.

không gây nguy hiểm cho sinh vật vì không phải sử dụng các tác nhân vật lí hay hóa học để gây đột biến.