Khó khăn lớn nhất trong sử dụng tài nguyên nước hiện nay ở nước ta là:

Lượng nước phân bố không đều và chưa hợp lí giữa các vùng.

Ngập lụt vào mùa mưa, thiếu nước vào mùa khô, ô nhiễm môi trường nước.

Lượng phù sa sông ngòi lớn gây khó khăn nạo vét luồng lạch.