Giao phối gần hoặc tự thụ phấn qua nhiều thế hệ sẽ dẫn đến thoái hóa giống vì:

xuất hiện ngày càng nhiều các đột biến có hại.

các gen lặn đột biến có hại bị các gen trội át chế trong kiểu gen dị hợp

các gen lặn đột biến có hại biểu hiện thành kiểu hình do chúng được đưa về trạng thái đồng hợp.